เมื่อ มินะโมะโตะ โนะ โยะริโตะโมะ ตั้งบะคุฟุ (Bakufu : ที่ว่าราชการรัฐบาลโชกุน) ขึ้นที่คะมะคุระในปลายศตวรรษที่ 12 การปกครองประเทศโดยชนชั้นทหารได้เริ่มมาแต่นั้นมาจนถึงประมาณ 150 ปี โดยช่วงเวลานี้รัฐบาลทหารซึ่งมีศูนย์กลางอำนาจอยู่ทางฝั่งตะวันออกของ ญี่ปุ่น ได้ทำการต่อสู้กับฝ่ายอำนาจเก่า คือ ราชวงศ์จักรพรรดิและเชื้อพระวงศ์ อันกุมอำนาจอยู่บริเวณภาคตะวันตกอยู่เนืองๆ และได้เริ่มวางรากฐานของระบบศักดินาในญี่ปุ่นขึ้นทีละเล็กทีละน้อย จนกระทั่งในครึ่งหลังศตวรรษที่ 13 กองทัพมองโกลได้รุกรานสู่ญี่ปุ่นโดยเข้าโจมตีภาคเหนือของเกาะคิวชู กองทัพทหารได้ทำการต่อสู้ป้องกันอย่างเข้มแข็ง ประกอบกับภัยธรรมชาติเป็นส่วนช่วยเหลือ ญี่ปุ่นจึงรอดพ้นจากอันตรายมาได้ แต่นั่นก็เป็นจุดเริ่มต้นของการเสื่อมอำนาจในการควบคุมชนชั้นนักรบของรัฐบาลทหาร ส่วนความเจริญทางด้านวัฒนธรรมนั้น วัฒนธรรมของชนชั้นนักรบได้ก่อกำเนิดขึ้นโดยมีวัฒนธรรมของชนชั้นปกครองเป็น รากฐาน แต่ยังคงเอกลักษณ์ของชนชั้นนักรบไว้ อันได้แก่ ความมีพลวัตร และการสะท้อน ความเป็นจริงอย่างเรียบง่าย ในด้านศาสนา พุทธศาสนาแบบคะมะคุระก็ได้กำเนิดขึ้นโดยพระเถระผู้มีชื่อเสียง อย่าง โฮเน็น (Hounen) ชินรัน (Shinran) และ นิฉิเรน (Nichiren) เป็นต้น นักรบฝั่งที่ราบคันโตจะนับถือศาสนาเซนอันได้รับการถ่ายทอดจากจีนแผ่นดินใหญ่ ช้องในศตวรรษที่ 12 เป็นหลัก รูปแบบศิลปะใหม่ๆ ก็เกิดขึ้นในยุคนี้ อย่างเช่น ปฎิมากรรมสมัยคะมะคุระตอนต้นนั้น จะมีลายในเส้นที่หนักแน่นมีพลังเหมือนของจริง และแสดงออกถึงความเป็นมนุษย์ วรรณศิลป์ส่วนใหญ่จะเป็นสิ่งที่ชนชั้นนักรบนิยม เช่น เฮเคะ โมะโนะงะตะริ (Heike Monogatari) ซึ่งแต่งขึ้นเมื่อต้นศตวรรษที่ 13 เป็นผลงานที่ดีที่สุดในจำนวนนิยายเกี่ยวกับการสู้รบ และก็ยังมีหนังสือรวบรวมบทเรียงความเรื่อง โฮโจขิ (Houjouki) ซิ่งแต่งในศตวรรษที่ 13 และ ทสิเระซุเระงุสะ (Tsurezuregusa) ซึ่งแต่งในศตวรรษที่ 14