แม้ว่าจักรพรรดิ โกะไดโกะ (Godaigo) จะเป็นผู้โค่นล้มรัฐบาลโชกุนคะมะคุระได้ก็ตามที แต่ก็ได้แตกหักกับแม่ทัพของตน คือ อะชิคะงะ ทะคะอุจิ (Ashikaga Takauji) ซึ่งเป็นต้นเหตุของการแยกราชบัลลังก์เป็นราชวงศ์เหนือที่เกียวโต และราชวงศ์ใต้ ที่โยะชิโนะ (Yoshino) (ปัจจุบันอยู่ในจังหวัดนะระ) ซึ่งเป็นสาเหตุให้นักรบเชื้อพระวงศ์ที่ฝักใฝ่อยู่กับแต่ละฝ่ายรบพุ่งกันมา ตลอด ก่อให้เกิดการอพยพย้ายถิ่นฐานของประชาชนเพื่อหนีภัยสงคราม จึงเป็นจุดเริ่มต้นที่ทำให้วัฒนธรรมท้องถิ่นอันแตกต่างกันระหว่างญี่ปุ่น ตะวันออกและญี่ปุ่นตะวันตกหลอมรวมเข้ากันเป็นหนึ่งเดียว