โทะคุงะวะ อิเอะยะสุ (Tokugawa Ieyasu) ได้รวบอำนาจและตั้งรัฐบาลโชกุนขึ้นที่เอโดะ (ปัจจุบันคือโตเกียว) ใน ค.ศ. 1603 และหลังจากนั้นอีก 260 ปี การปกครองทั้งหลายก็ตกอยู่ในอำนาจของตระกูลโทะคุงะวะ รัฐบาลโทะคุงะวะได้ลิดรอนอำนาจจากจักรพรรดิ เชื้อพระวงศ์ และพระสงฆ์จนหมดสิ้น และปกครองเกษตรกรอันเป็นแรงงานค้ำจุนรัฐบาลอย่างเข้มงวดกวดขันโดยทุกอย่าง เข้าสู่สงบสุขหลังจากปิดประเทศโดยโทะคุงะวะ อิเอะมิทสึ (Tokugawa Iemitsu) โชกุนคนที่ 3 เมื่อต้นศตวรรษที่ 17 อย่างไรก็ตามความสงบภายในประเทศ ได้นำความรุ่งเรืองทางการค้าและอุตสาหกรรมมาให้ญี่ปุ่นก็จริง แต่ในที่สุดได้ทำลายระบบพึ่งตนเองของเกษตรกรไปทีละเล็กละน้อย เมื่อเกษตรกรอันเป็นฐานอำนาจของรัฐบาลโทะคุงะวะยากจนเดือดร้อน การปกครองของตระกูลโทะคุงะวะก็เริ่มสั่นคลอนลงตั้งแต่เข้าศตวรรษที่ 19 ยุคนี้เป็นยุคที่วัฒนธรรมของราษฏรสามัญเจริญจนถึงที่สุด ตั้งแต่ปลายศตวรรษที่ 17 จนถึงต้นศตวรรษที่ 18 เป็นยุคของวัฒนธรรม เก็นโระขุ (Genroku) ซึ่งเป็นของนักรบผสมกับราษฎรสามัญ มีศูนย์กลางอยู่ที่เมืองใหญ่ ๆ อย่างเกียวโต โอซาก้า เอกลักษณ์คือละครหุ่น ละครคะบุขิและหัตถกรรมต่างๆ มีศิลปินกำเนิดจากราษฎรสามัญมากมาย เช่น นักเขียน อย่าง อิฮะระ ไซคะขุ (Ihara Saikaku) นักกลอนไฮขุ อย่าง มะทสึโอะ บะโช (Matsuo Bashou) นักแต่งบทละครหุ่น ละครคุบุขิ อย่าง ชิคะมะทสึ มงชะเอะมง (Chikamatsu MonZaemon) จนเมื่อต้นศตวรรษที่ 19 ศูนย์กลางของวัฒนธรรมได้ย้ายไปอยู่เอะโดะ เป็นยุคของวัฒนธรรม คะเซ (Kasei) ซึ่งเป็นวัฒนธรรมของชนชาวเมือง อันได้แก่ นวนิยาย ละครคะบุขิ ภาพอุคิโยะ บุงจิง-งะ เป็นต้นการศึกษาและวิชาการก็เจริญรุ่งเรือง ชนชั้นนักรบเล่าเรียนปรัชญาของขงจื้อและหลักคำสอน จูจื่อ (Chu Hsi) ซึ่งเป็นปรัชญาพื้นฐานที่ค้ำจุนการปกครองของรัฐบาลโทะคุงะวะ การศึกษาเกี่ยวกับญี่ปุ่นและดัตซ์ (ฮอลันดา) เจริญรุ่งเรืองตั้งแต่ศตวรรษที่ 18 เป็นต้นมา มีการเปิดโรงเรียนตามหัวเมืองต่างๆ เพื่อลูกหลานของชนชั้นนักรบ ราษฎรสามัญเองก็นิยมส่งลูกหลานไปศึกษาวิชาต่างๆ ที่วัด (terakoya)