ในปลายศตวรรษที่ 8 มีการย้ายเมืองหลวงไปที่ เฮอันเคียว (Heiankyou) หรือ เมืองเกียวโตในปัจจุบัน และมีความพยายามจะนำระบบริทสึเรียว (Ritsuryou) กลับมาใช้แต่เนื่องจากระบบโคฉิโคมินเสื่อมลง ทำให้บ้านเมืองขาดแคลนเงินทอง จนไม่สามารถส่งฑูตไปจีนได้อีกภายหลังจากที่ส่งไปครั้งสุดท้าย เมื่อปี ค.ศ. 894 ซึ่งเป็นผลให้การรับวัฒนธรรมจากแผ่นดินใหญ่ยุติลงไปด้วย ตระกูลฟุจิวะระ (Fujiwara) เป็นตระกูลทหารที่มีอำนาจปกครองที่ญี่ปุ่นในศตวรรษที่ 10-11 และนำเอาระบบการจัดสรรปันส่วนที่ดิน โดยมีการยกเว้นภาษีที่ดินแก่คนบางกลุ่ม (Shoen) มาใช้ แต่การดูแลหัวเมืองในภูมิภาคที่อยู่ห่างไกลเป็นไปด้วยความยากลำบาก จึงเกิดการจราจรแยกตัวออกไปก่อตั้งตระกูลทหารขึ้นในตอนปลายศตวรรษที่ 11 ตระกูลฟุจิวะระถูกขัดขวางโดยฝ่าย อินเซ (Insei : จักรพรรดิผู้ที่ทรงสละราชบัลลังก์แล้วแต่ยังทรงกุมอำนาจอยู่) ขณะที่ทหารเริ่มเข้ามามีบทบาทในการปกครองมากขึ้น วัฒนธรรมที่เป็นรูปแบบของญี่ปุ่น โดดเด่นมากในสมัยเฮอันในศตวรรษที่ 9 ญี่ปุ่นยังคงรับวัฒนธรรมของราชวงศ์ถังอยู่ พุทธศาสนานิกายมิคเคียว (Mikkyou) กับการเขียนรูปประโยคแบบจีนแพร่หลายมากพอเข้าสู่ยุคศตวรรษที่ 10 หลังจากที่ญี่ปุ่นไม่ได้ติดต่อโดยตรงกับภาคพื้นทวีปแล้ว ได้เกิดวัฒนธรรมชั้นสูงที่มีลักษณะพิเศษเฉพาะของญี่ปุ่นเอง วรรณกรรมที่เด่นในเวลานี้ อาทิ โคะคินวะคะชู (Kokinwakashuu) เป็นหนังสือรวมกวีนิพนธ์เล่มแรกตามพระราชโองการของจักรพรรดิ(ในต้นศตวรรษที่ 11) เกนจิ โมะโนะงะตะริ (Genji Monogatari) นวนิยายเรื่องยาวที่เก่าแก่ที่สุดในโลก (ประมาณต้นศตวรรษที่ 11) และ มะคุระโนะ โซชิ (makura no soshi) หนังสือข้างหมอน (ประมาณ ค.ศ. 1000) วรรณกรรมเหล่านี้เขียนด้วยตัวอักษร คะนะ (kana) ซึ่งคนญี่ปุ่นคิดประดิษฐ์จากตัวอักษรคันจิ และสามารถใช้เขียนคำศัพท์ญี่ปุ่น เพื่อสื่อความรู้สึกของชาวญี่ปุ่นได้เป็นครั้งแรก อีกทั้งยังนำไปสู่โลกวรรณกรรมสตรีอีกด้วย ตั้งแต่ช่วงหลังศตวรรษที่ 10 เป็นต้นมา พุทธศาสนานิกายโจโดะ (Joudo) ซึ่งมุ่งหวังความสุขในชาติหน้าเป็นที่นับถืออย่างแพร่หลายเช่นเดียวกับนิกายมิคเคียว ที่หวังผลประโยชน์เฉพาะในชาตินี้ และเราจะเห็นถึงความมีเอกลักษณ์แบบญี่ปุ่นปรากฎอยู่ในวรรณกรรมกับงานศิลปะ เช่น สถาปัตยกรรม การเขียนภาพ การแกะสลัก เป็นต้น เมื่อปี ค.ศ. 710 ขณะที่บ้านเมืองเจริญรุ่งเรืองด้วยหลักกฏหมายและจริยธรรม (ritsuryou) ก็ได้ย้ายเมืองหลวงมาที่ เฮโจเคียว (Heijoukyou) หรือเมืองนะระและบริเวณใกล้เคียงในปัจจุบัน แต่ในเวลาต่อมาก็เริ่มเกิดความวุ่นวายเมื่อระบบโคฉิโคมิน (Kochi-koumin : ระบบที่รัฐบาลกลางครอบครองที่ดินทั้งหมดและปันส่วนให้ขุนนางกับชาวนา โดยที่ชาวนาต้องเสียภาษีที่ดิน) เสื่อมลงเนื่องจากมีที่ดินได้รับยกเว้น ภาษี (Shoen) อยู่เป็นจำนวนมาก รวมถึงความยากจนไร้ที่อยู่อาศัยของชาวนาในสมัยนี้ศาสนาพุทธได้รับการทำนุ บำรุงอย่างดี ทำให้วัฒนธรรมหรือศิลปะทางพุทธศาสนาเจริญรุ่งเรืองมากเริ่มจากวัฒนธรรมอะสุขะ (Asuka) ซึ่งเป็นวัฒนธรรมพุทธศาสนาอันดับแรกของญี่ปุ่นในต้นศตวรรษที่ 7 หรือวัฒนธรรมฮะคุโร (Kakuhou) ในครึ่งหลังของศตวรรษที่ 7 ที่แสดงให้เห็นความทุกข์ยากของมนุษย์จนถึงวัฒนธรรม เท็มเปียว (Tenpyou) ในกลางศตวรรษที่ 8 ที่แสดงถึงความรู้สึกของมนุษย์ที่สมบูรณ์ตามที่เป็นจริง ซึ่งรับอิทธิพลทางวัฒนธรรมในยุคที่รุ่งเรืองที่สุดของราชวงศ์ถัง มันโยชู (Man'youshuu) คือ งานชิ้นเอกแห่งยุคซึ่งเป็นการรวบรวมบทกวีของคนทุกระดับชั้นตั้งแต่สามัญชนจน ถึงจักรพรรดิไว้ประมาณ 4.500 บท โดยใช้เวลารวบรวมจนถึงกลางศตวรรษที่ 8 รวมเป็นเวลาถึง 400 ปี ใน มันโยซุ ได้บรรยายความรู้สึกของการใช้ชีวิตอย่างสมถะของคนญี่ปุ่นในสมัยโบราณได้อย่างตรงไปตรงมา และยังคงเป็นที่ประทับใจของคนญี่ปุ่นจำนวนมากในปัจจุบันนี้ นอกจากนี้ ยังมี โคะจิขิ(Kojiki) ซึ่งเป็นบันทึกประวัติศาสตร์ตามลำดับเวลาฉบับเก่าแก่ที่สุด (ค.ศ. 712) นิฮงโชะชิ (Nihonshoki) ซึ่งเป็นบันทึกเหตุการณ์ทางประวัติศาสตร์ตามลำดับเวลาฉบับเก่าแก่ที่สุด (ค.ศ.720) และหนังสือรวมบทกวี ไคฟูโซ (Kaifuusou) ฉบับเก่าแก่ที่สุด (ค.ศ. 751) ซึ่งเป็นครั้งแรกของการรวมบทกวีของนักกวีญี่ปุ่น